Situação:
O erro Registro duplicado em relação à chave COD_AGL, ocorre na validação da ECD devido à Estrutura da DRE está preenchida errada, de forma que leva as contas duplicadas.

Solução:
1. Realize a conferencia:
1.1. No módulo Contabilidade Gerencial, acesse a aba Cadastros;
1.2. Clique em Estrutura DRE;
1.3. Verifique a estrutura utilizada na ECD e se há contas duplicadas no campo Itens;
1.4. Caso haja contas duplicadas, selecione a conta e clique em Excluir;
1.5. Ao finalizar, realize a validação da ECD novamente;

Observação: Importante saber que se já foi inserido contas de grupos não deve inserir as contas analíticas.